Като еднокопитни понитата са изложени на същите заболявания като по-големите си събратя. Някои състояния обаче обикновено се наблюдават по-често при тези малки коне, отколкото при големите.
Понитата обикновено са обект на нарушение на липидния метаболизъм, което води до необичайно високи нива на мазнини и триглицериди в кръвта (хиперлипемия), както и до нарушена чернодробна функция. Признаците са разнообразни и могат да включват намален апетит, летаргия, слабост, депресия, диария и оток (натрупване на течност) по средната линия на корема.
Понита, които са неактивни, затлъстели или резистентни към инсулин, обикновено са податливи на този проблем, а затлъстелите понита, които изпитват някакъв вид стрес, имат на повишен риск от заболяването.
Първичната хиперлипемия възниква без наличието на предразполагащо заболяване и това е по-често при шетландските понита. Вторичната хиперлипемия е свързана с друг болестен процес, често някакъв вид стомашно-чревно състояние, и се наблюдава повече при миниатюрните коне.
Лечението при понито варира в зависимост от вида на хиперлипемията и може да включва хранителна подкрепа, избягване на стреса, прилагане на хепарин или инсулин и лечение на съпътстващо заболяване. Прогнозата е лоша за животни с първична хиперлипемия, особено ако лечението не започне рано в хода на заболяването. Агресивното лечение на основното болестно състояние може да подобри здравето на понита, страдащи от вторична хиперлипемия.
Малките понита са податливи на болестта на Кушинг по конете. Това състояние е резултат от аномалии в хипофизната жлеза и често води до инсулинова резистентност и ламинит. При понитата заболяването може да се управлява чрез елиминиране на зърното и ограничаване на повечето или цялата паша. Препоръчва се хранене с тревно сено с ниско ниво на въглехидрати (по-малко от 10% неструктурни въглехидрати). На тези еднокопитни може да се дават балансирани пелети за доставяне на необходимите витамини и минерали.
Ако не е възможно миниатюрните коне да бъдат премахнати напълно от пасищата, най-доброто време за паша е късно през нощта и много рано сутрин, когато захарите са на най-ниските си нива в пасищната трева. Използването на намордници за паша и сухи места позволява на тези коне да се движат и да общуват с връстниците си, като същевременно ограничават приема на трева.
Понитата са и малко по-склонни от по-големите коне да имат скелетни проблеми като изкълчване на бедрото и колената, малформация на костите в рамото и остеоартрит, свързан с тези стави. Редовните упражнения и поддържането на теглото за ограничаване на затлъстяването могат да бъдат донякъде полезни за предотвратяване на дискомфорта.
Коликите, дължащи се на стандартни причини, се появяват при понитата със същата честота, както при по-големите коне. Въпреки това при понитата на възраст под една година има повишена честота на колики, причинени от феколити (изсъхнали, втвърдени изпражнения) в тънкото дебело черво. Миниатюрните коне също имат малко по-висок риск от образуване на коремни сраствания след операция заради колики.
Необичаен проблем за конете като цяло, който е малко по-често срещан при по-малките еднокопитни, е колапсът на трахеята. Въпреки че това може да се случи при късно бременни миниатюрни кобили, по-често се наблюдава при по-възрастни животни и се дължи на дегенерация на тъканите.
Признаците са изключителна непоносимост към упражнения, скърцащи или хриптящи звуци, когато конят диша, и очевидно усилие да издиша. Прогнозата не е благоприятна и операцията или други лечения не са много успешни.
