Изчерпана е популацията на черноморската скумрия. Вече не съществуват и два вида есетрови риби, които са се срещали по поречието на река Дунав.
Там се наблюдават общо шест вида, един от които е застрашен, три критично застрашени и два напълно изчезнали вида риби в България.
Според хидробиолозите и ихтиолозите еволюционно това са едни от най-старите и впечатляващи видове. Освен това те са изключително ценни, защото от тях се добива хайвер.
Друг застрашен вид е змиорката. Теченията докарват лаврите на змиорките от Латинска Америка до Европа, а в България местообитанието на отрасване на малките бе Стралджанското блато, което е пресушено. Змиорката е изчезнала и от влажните зони по поречието на река Янтра.
Според специалистите застрашени са и други риби, сред които четирите вида щипоци, балканската кротушка и два вида гулеши.
Замърсяването на водите, построяването на ВЕЦ-ове и корекциите по реките са сред основните причини за измиране на популациите им.
Под най-голяма заплаха според хидробиолозите са мигриращите риби.
Коридорите за миграция, по които те трябва да стигнат до местата си за хранене и размножаване, са блокирани. Поради тази причина пред изчезване са и миногите.
Не съществува вече и струмския гулеш, който е бил доскоро типичен представител на реките Струма и Места. Специалистите посочват като причина за измирането на популацията му построеният до язовир Пчелина ВЕЦ.
